Súčasťou výchovno-vzdelávacieho procesu Cirkevného gymnázia Štefan Mišíka v Spišskej Novej Vsi je duchovná formácia žiakov a pedagógov školy. Duchovnú starostlivosť a kontrolu nad duchovnou činnosťou a aktivitami zabezpečuje Rímskokatolícky farský úrad v Spišskej Novej Vsi. Koordinátorom pre duchovnú činnosť je Mgr. Martin Bartoš, kaplán.
Rímskokatolícke náboženstvo je povinným vyučovacím predmetom pre všetkých žiakov a vyučuje sa v každom ročníku s hodinovou dotáciou 2 vyučovacie hodiny týždenne.
Vyučovanie sa začína každý deň modlitbou „Pod tvoju ochranu“ (na začiatku prvej hodiny s vyučujúcim) a končí sa modlitbou na poslednej hodine „Otče náš“ (tesne pred koncom hodiny)
Hodiny náboženstva sa začínajú osobitnou modlitbou v latinskom jazyku.
Každý utorok (počas veľkej prestávky) sa žiaci a učitelia stretnú v aule školy na spoločnú modlitbu „Korunky“, ktorá sa modlí na tieto úmysly: za osobný rozvoj i rozvoj školy.
Počas školského roka je v pláne spoločná modlitba ruženca v cudzích jazykoch (október), modlitba za zomrelých v čase 1.- 8. novembra na miestnom cintoríne, spoločná modlitba krížovej cesty v pôstnom období a iné modlitby počas aktivít a výziev prichádzajúcich zvonka.
Podľa vývoja epidemiologickej situácie a schopnosti vyučovať prezenčnou formou, sú plánované aj nasledujúce aktivity a podujatia:
- školský rok sa začína sv. omšou „Veni sancte“, na konci školského roka je ďakovná sv. omša „Te Deum“. Okrem toho sa žiaci a vyučujúci zúčastňujú sv. omší vo štvrtok v prvopiatkovom týždni a následne o dva týždne. Tieto sv. omše sú v malom kostole o 07:30 hodine. Pri týchto sv. omšiach sa osobitne zapájajú žiaci školy. Žiaci aj učitelia sa zúčastňujú na spoločných školských svätých omšiach v dňoch prikázaných cirkevných sviatkov, ktoré pripadajú na pracovné dni. Sv. omša sa pre žiakov a vyučujúcich slávi aj z príležitosti stužkovej slávnosti a rozlúčky so štvrtákmi. Okrem toho sú sväté omše slúžené aj počas duchovných cvičení a sústredení.
Žiaci sú povinní v rámci duchovnej formácie absolvovať duchovné cvičenia počas vyučovacieho procesu.
Vyučujúci sa raz ročne zúčastnia duchovných cvičení po dohode s vedením školy.
Možnosť pristúpiť k svätej spovedi, príp. duchovného rozhovoru je v utorok alebo štvrtok v učebni vedľa riaditeľni, prípadne inokedy po dohode s p. kaplánom. Pred veľkými sviatkami (Vianoce, Veľká noc) je možnosť prijať sviatosť zmierenia v škole (príde viacero kňazov).
Na škole každoročne prebieha súťaž biblickej olympiády.
Žiaci sa majú podľa možností zapájať do života farností (odkiaľ pochádzajú) a svojim správaním svedčiť o kresťanských hodnotách aj mimo pôdy školy.
Raz ročne sa vybraní žiaci zúčastnia brigády pri kaplnke sv. Trojice.
Pre všetkých žiakov školy je povinná účasť na duchovných podujatiach organizovaných školou vo vyučovacom čase.
Žiaci aj pedagógovia sa zapájajú do charitatívnej činnosti a zúčastňujú sa na púťach, modlitbách a rôznych ďalších akciách duchovného charakteru.